False Dmitrys død stoppede ikke problemerne. Borgerkrigen fortsatte og dækkede nye lande, nye bedragere dukkede op. I den første måned af sin regeringstid måtte Vasily Shuisky undertrykke flere forsøg på forestillinger fra de lavere byklasser i Moskva. I Moskva frygtede de, at den polske konge Sigismund ville starte en krig for at vælte bedrageren og slå polakkerne. Af de flere tusinde polske gæster og lejesoldater fra False Dmitry, der overlevede majoprøret i Moskva, blev der derfor kun frigivet almindelige borgere, og adelige mennesker blev efterladt som gidsler, fik god vedligeholdelse og blev distribueret under opsyn i forskellige byer. Shuisky overtrådte den diplomatiske etikette og tilbageholdt endda Gonsevskys polske ambassade i Moskva.
Denne frygt var dog forgæves. Polen selv havde det svært. Polakkerne startede en krig med Sverige og erobrede byen Pernov (Pärnu) fra hende i Livonia. Derudover gennemførte Zaporozhye -kosakkerne, ledet af Hetman Sagaidachny, en række vellykkede razziaer og plyndrede Kafa og Varna. Dette gjorde osmannerne vrede, og de erklærede krig mod Commonwealth. Sandt nok var hovedstyrkerne i den tyrkiske hær forbundet med krigen med Persien, og hjælpestropper blev sendt mod Polen, og polakkerne afviste angrebet. I Polen selv vakte nogle af de stormænd, der var utilfredse med kongens politik, furore. Landet var opslugt af borgerkrig. Derfor havde polakkerne ikke tid til Moskva.
Således overså Moskva en mere alvorlig trussel - en intern trussel. De problemer, der forårsagede problemerne, blev jo ikke løst. Og den ydre trussel spillede en vigtig, men ikke hovedrollen. Provinsen var rasende: Boyar -dumaen valgte en zar uden den nødvendige støtte fra alle lande. Det viste sig, at boyarerne dræbte den "gode tsar" og tog magten og overgav tronen til "boyar -zaren". Provinsen var ved at søde: søgeordet for flygtninge blev øget til 15 år; tjenestemændene huskede den falske Dmitrys generøse priser; indbyggerne i syd frygtede repressalier og terror (som under Godunov) for at hjælpe bedrageren; bekymret for kosakkerne, der aktivt støttede løgnen; Shuisky slap af med falske Dmitrys tilhængere og sendte dem væk fra hovedstaden, mange blev sendt til de sydlige grænseområder.
I sommeren 1606 opslugte spontane oprør hele den sydlige del af landet, som blev ophidset af rygter om "frelse af den gode zar Dmitry." Midten i kampen mod den nye konge i det nordlige land var "hovedstaden" for den første bedrager - Putivl. Her valgte de oprørske byboere, bønderne, Ivan Bolotnikov, der var kommet til dem med en løsrivelse, som en "stor kommandant". Ivan Bolotnikov var ifølge den mest udbredte version en livegne af prins Telyatevsky. I sin ungdom flygtede han fra sin herre til steppen til kosakkerne, her blev han fanget af tatarerne og blev solgt til slaveri til tyrkerne. Han tilbragte flere år i slaveri, i galejerne som roer. Efter et mislykket søslag med kristne skibe for tyrkerne blev han løsladt og tog til Venedig, hvor han boede i en tysk handelsforbindelse. Herfra, efter at have hørt historier om begyndelsen på problemerne i den russiske stat, flyttede Bolotnikov gennem Tyskland og Polen til Rusland. Rygter om "mirakuløs frelse" for Moskva -zaren Dmitry trak Ivan til Sambor, hvor Moskva -flygtningen Mikhail Molchanov, en tidligere allieret med den falske Dmitry I. Molchanov, gemte sig sammen med sin kone Yuri Mnishek Yadviga og præsenterede sig selv som en konge. Denne eventyrer introducerede sig for Bolotnikov som en tsar, der var undsluppet efter majkuppet i Moskva. Den nye bedragere talte med Bolotnikov i lang tid og leverede ham derefter et brev til prins Grigory Shakhovsky og sendte ham til Putivl som hans personlige udsending og "store voivode".
Faktisk er borgerkrigen gået ind i en aktiv fase. Bolotnikovs hær omfattede de vigtigste godser og sociale grupper i den russiske stat: bønder og slaver, Seversk, Terek, Volga og Zaporozhye -kosakker, repræsentanter for adelen. Desuden blev opstanden støttet af repræsentanter for aristokratiet, blandt dem prins Grigory Shakhovsky og Chernigov voivode Andrei Telyatevsky, den tidligere ejer af Bolotnikov.
I sommeren 1606 blev 30 þús. Bolotnikovs hær flyttede til Moskva. Fæstningerne Kromy og Yelets blev taget til fange, hvis rige arsenaler genopfyldte oprørernes reserver. Regeringstropper under kommando af guvernørerne for fyrsterne Vorotynsky og Trubetskoy blev besejret ved Kromy og Yelets. Mange soldater fra de tsaristiske tropper gik over til oprørernes side. Da de udnyttede de tsaristiske guvernørers fejltagelser, gik oprørerne hurtigt frem mod Moskva. Flere og flere løsrivelser af oprørske bønder strømmede ind i Bolotnikovs hær. På vej til Moskva sluttede derudover store afdelinger af serviceadelsmænd sig til Bolotnikov, der modsatte sig boyarzaren Shuisky. Den højtstående Ryazan -guvernør Prokopy Lyapunov og den yngre - Grigory Sumbulov, ledede Ryazan -militsen, den streltsy centurion Istoma Pashkov - en stor afdeling af servicefolk. Tula, Kashira, Kaluga, Mozhaisk, Vyazma, Vladimir og Astrakhan gjorde oprør. På Volga gjorde mordovianerne og Mari (Cheremis) oprør, de belejrede Nizhny Novgorod.
Oprørerne på vej til Moskva nærmede sig Kolomna. I oktober 1606 blev Posad Kolomna taget af angreb, men Kreml fortsatte med at modstå. Efterladt en lille del af sine styrker i Kolomna, led Bolotnikov langs Kolomna -vejen til Moskva. I landsbyen Troitskoye, Kolomensky -distriktet, lykkedes det ham at besejre regeringstropper. Den 22. oktober var Bolotnikovs hær stationeret i landsbyen Kolomenskoye nær Moskva. Her byggede han et fængsel (fæstning) og begyndte at sende breve til Moskva og forskellige byer og opfordrede til at støtte den legitime suveræne Dmitry Ivanovich og vække dårligt stillede og fattige mod de rige.”I alle, boyarslaver, slå jeres boyars, tag deres koner og al deres ejendom, godser og godser! I vil være ædle mennesker, og I, der blev kaldt spioner og navnløse, dræber gæster og købmænd, deler deres maver blandt jer! Du var den sidste - nu vil du modtage boyars, vildskab, voivodeship! Kys hele korset til den lovlige suveræne Dmitry Ivanovich! Derfor blev Bolotnikovs troppers vej ledsaget af frygtelige pogromer, folk reagerede med terror mod terror, kæmpede som om der var fremmede rundt (tsariststyrkerne i territorierne opslugt af oprør handlede på lignende måde).
Bolotnikovs milits fortsatte med at vokse, separate løsrivelser, hovedsageligt fra slaver, der med deres razziaer og røverier holdt hovedstaden i en belejringstilstand, skilte sig ud fra den. I november sluttede kosakkerne af Ileika Muromets sig til Bolotnikov. Han var en anden bedrager, der udgav sig som Tsarevich Peter Fyodorovich, som i virkeligheden aldrig eksisterede søn af tsar Fjodor I Ivanovich. Muskovitterne var allerede klar til at adlyde Bolotnikov og bad kun om at vise dem Tsarevich Dmitry og begyndte endda forhandlinger med ham. Den glade Bolotnikov sendte budbringere til Putivl. Lad "tsaren" komme før, sejren er nær. Men Dmitry dukkede aldrig op. Mange begyndte at udtrykke tvivl om Dmitrys eksistens og gik over til siden af Shuisky.
I mellemtiden sad Shuisky ikke stille og forberedte sig aktivt på et modangreb. Forstæderne og bosættelserne i Moskva blev befæstet. Guvernørernes tropper Skopin-Shuisky, Golitsyn og Tatev bosatte sig ved Serpukhov-porten, hvorfra de så fjendens lejr. Der blev etableret kommunikation mellem Moskva og de omkringliggende byer, tropperne bevogtede vejene. I november ankom forstærkninger fra Tver og Smolensk, som stort set bestod af adelige og byboere. På samme tid forhandlede Shuisky aktivt med den ædle del af den oprørske lejr. Lyapunoverne og Pashkov hadede Shuisky, men de frygtede et optøjer af "rabblingen".
Bolotnikovs hær voksede til 100 tusind mennesker (hans tropper opererede over et stort område), men hans kampegenskaber faldt. Blandt oprørerne var der mange slaver, vagabonder, bønder, der ikke havde kampoplevelse, var dårligt bevæbnet og organiseret. Kosakker og adelige - to kæmpende kerner i hæren, de blev foragtet. De modsatte sig imidlertid også hinanden. Som følge heraf opstod der en splittelse i Bolotnikovs hær: den ene lejr bestod af adelige og boyarbørn, den anden - slaver, kosakker og andre mennesker. Sidstnævnte havde Ivan Bolotnikov som deres ledere, den tidligere - Istoma Pashkov og brødrene Lyapunov. Der opstod uenigheder mellem lederne, som følge heraf gik først Lyapunovs og derefter Istoma Pashkov over på siden af Shuisky. Shuisky dannede i mellemtiden grundigt Moskva en ny hær fra andre byers militser. Derudover lokkede Shuisky mange adelsmænd fra Bolotnikov -lejren og lovede dem en belønning og rækker.
Da han så, at situationen blev værre og Shuiskys styrker voksede, besluttede Bolotnikov at angribe. Den 26. november forsøgte han at tage Simonov-klosteret, men blev besejret af tsarstyrkerne under kommando af en ung og talentfuld kommandør, nevøen til zar Mikhail Skopin-Shuisky. I kampens afgørende øjeblik forlod en stor ædel løsrivelse af Pashkov oprørernes lejr, dette afgjorde slagets udgang til fordel for den tsaristiske hær. Bolotnikovs tropper var forankret i Kolomna -lejren. Skopin-Shuisky belejrede Bolotnikovitterne og begyndte at beskyde. Zar Vasily forsøgte at nå til enighed med Bolotnikov selv, lovede en høj rang, men oprørernes leder nægtede at gå i fred. Efter tre dages artilleriild kunne Bolotnikovs brogede hær ikke holde det ud og flygtede. En del af kosakkerne tog fat i landsbyen Zaborie, hvor 2. december blev oprørerne besejret igen. Ataman Bezzubtsevs kosakker gik over til siden af Skopin-Shuisky. Zar Vasily tilgav dem. Resten af fangerne taget i kamp eller under flyvningen blev hængt eller bedøvet med køller, druknede. Bolotnikov flygtede til Serpukhov, og derefter gik Kaluga, Ileika Muromets til Tula.
Således var oprørerne aldrig i stand til at indtage hovedstaden. I det afgørende slag blev bolotnikovitterne besejret af tsar -voivoderne, hvilket blev lettet af forræderi af de ædle løsrivelser, der gik over på siden af zar Vasily Shuisky.
I Kaluga samlede Bolotnikov omkring 10 tusinde mennesker. Det blev belejret af de tsaristiske tropper. Hovedkommandanten var imidlertid den talentløse bror til zaren Ivan Shuisky. Som et resultat trak belejringen af Kaluga ud fra december 1606 til maj 1607. Oprørerne forsvarede sig dygtigt og desperat, frastødte angreb, foretog vovede sorteringer og forårsagede stor skade på tsariststyrkerne. Tsarguvernørerne besluttede at brænde træfæstningen ned, og efter at have mobiliseret de omkringliggende bønder begyndte de at levere brænde, som de beklædte væggene med. Oprørerne gættede imidlertid denne plan og sprængte "fejningen" og dræbte og lemlæstede et stort antal zar -krigere. På dette tidspunkt forsøgte andre oprørere at blokere Kaluga, men blev besejret. Så løsrivelsen af Mezetsky, sendt fra Putivl af Shakhovsky til redning af Bolotnikov, blev besejret af Ivan Romanovs hær på floden. Vyrke.
Senere forsøgte Telyatevskijs og Pseudo-Peters tropper at bryde igennem til Bolotnikov. Den 1. maj 1607 besejrede Don og de ukrainske kosakker de tsaristiske tropper ved Pchelna -floden. Ved at udnytte forvirringen blandt belejringshæren foretog Bolotnikov en sortie og besejrede tsarguvernørerne, der trak sig tilbage og opgav artilleriet og bagagetoget. En del af de tsaristiske tropper gik over til oprørernes side. Kun Skopin-Shuiskys regiment trak sig tilbage i perfekt orden. Herefter flyttede Bolotnikov til Tula, hvor der var en mere kraftfuld stenfæstning, og forenede sig med andre oprørsafdelinger.
Derefter begyndte Bolotnikov den 2. kampagne mod Moskva. Zar Vasily sad imidlertid ikke tomt. Mobilisering af "hyldest" -mennesker ("hyldest" - krigere indkaldt fra byfolk og bondesamfund) i hele landet blev annonceret, og ledede personligt en stor hær, der blev dannet i Serpukhov. Opstandens centre blev gradvist knust. Oprørerne blev kørt tilbage fra Nizjnij Novgorod. A. Golitsyn besejrede Telyatevsky nær Kashira. Fremkomsten af en eller anden ukendt Peter i stedet for den forventede "gode tsar" Dmitry, der udløste terror mod modstandere, afkølede mange, de oprørske byer faldt til ro, bragte bekendelse. I maj bevægede den zaristiske hær sig mod oprørerne. Zaren deltog selv i felttoget, og de enkelte regimenter blev kommanderet af Mikhail Skopin-Shuisky, Pyotr Urusov, Ivan Shuisky, Mikhail Turenin, Andrei Golitsyn, Prokopy Lyapunov og Fyodor Bulgakov.
Bolotnikovitterne forsøgte at omgå hovedstyrkerne i tsarhæren og tage til Moskva, men omgå Kashira mødte oprørerne zaristens flanke ved Vosma -floden. Den 5-7. Juni 1607 fandt en kamp sted. Bolotnikovitter havde en fordel i styrke - 30-38 tusinde soldater. Imidlertid forrådte guvernøren i Tula Bolotnikov og med 4 tusinde. løsrivelse gik over til siden af de tsaristiske tropper. Og Lyapunovs Ryazan -afdelinger gik ind bag på Bolotnikovs hær. Dette forårsagede panik blandt bolotnikovitterne, og de trak sig tilbage. En del af Bolotnikovs tropper blev afskåret og taget til fange, fangerne blev henrettet. Efter slaget ved Vosemsk blev Bolotnikovs hær kørt tilbage til Tula.
Zar Vasily Shuisky sendte flere regimenter under ledelse af Mikhail Skopin-Shuisky for Bolotnikov. I udkanten af Tula besluttede Bolotnikov at kæmpe på Voronya -floden, oprørerne lukkede sig med seriffer og afviste i lang tid angrebet af tsarens kavaleri. Begge sider led store tab. Bueskytterne lavede imidlertid en rundkørsel manøvre, Bolotnikovitterne vaklede og løb, mange blev dræbt under jagten. Bolotnikov mistede halvdelen af sine tropper i disse kampe - omkring 20 tusinde mennesker. Med resten låste han sig inde i Tula. Således led Bolotnikov et afgørende nederlag og tabte strategisk initiativ.
Den 30. juni nærmede tsar Vasily sig selv med hovedhæren sig til Tula. Samtidige rapporterede, at tsarhæren talte 100-150 tusinde mennesker. Bolotnikov og "Tsarevich Peter" har ikke mere end 20 tusinde mennesker tilbage. Belejringsvåben begyndte at beskyde byen fra begge banker. Tula havde imidlertid stærke befæstninger, og Bolotnikov stod tilbage med oprørernes mest effektive kerne. Derfor holdt de belejrede ud indtil oktober 1607. I de tidlige stadier af belejringen foretog byens forsvarere slag og forsvarede modigt. Alle forsøg fra de zaristiske guvernører på at tage byen med storm viste sig uden held.
Derefter besluttede zaristropperne på idéen om Murom -sønnen til boyaren Ivan Krovkov at blokere Upu -floden nedenfor byen med en dæmning, så Tula ville blive oversvømmet. På den højre, sumpede bred blev der opført en dæmning på cirka en halv mil i størrelse, som skulle forhindre floden i at løbe over i lavlandet under efterårsoversvømmelsen, men forårsage en kraftig stigning i vandstanden. Efterårsfloden afbrød faktisk byen fra omverdenen og gjorde den til en sumpet ø midt på en fuldstændig oversvømmet slette. Mange ammunition blev beskadiget, samt korn- og saltforsyninger opbevaret i kældrene. Snart begyndte en frygtelig hungersnød og epidemi i Tula, hvilket forværrede interne modsætninger blandt oprørerne. Oprørerne forsøgte at sprænge dæmningen, men den samme Kravkov advarede Shuisky, og forsøget mislykkedes.
Bolotnikov sendte budbringere til Mikhail Molchanov og Grigory Shakhovsky mere end én gang under belejringen, men uden succes. Og zar Vasily stod over for en ny trussel. En ny bedrager dukkede op - Falsk Dmitry II, som allerede havde formået at beslaglægge Severshchina, Bryansk og Verkhovskaya jord. Bolotnikov blev tilbudt forhandlinger om vilkårene for byens overgivelse. Shuisky lovede at bevare friheden for opstandens ledere og deltagere. Den indgåede aftale blev forseglet med en højtidelig ed, og den 10. oktober 1607 åbnede Tula sine porte for tsarens hær.
Zar Vasily vildledte oprørets ledere. Shuisky skyndte sig at meddele, at tilgivelse kun gælder for almindelige "Tula -fanger" og ikke for opstandens ledere. Tulyakkerne blev virkelig benådet, de oprørske adelsmænd kom af med eksil. Shakhovsky blev tonseret som en munk. "Tsarevich Peter" blev hængt. Bolotnikov blev sendt til Kargopol og druknede i hemmelighed. Mange almindelige oprørere blev sendt til byerne, og dem der endte i Moskva uden støj og støv blev kvalt.
Således slukkede Moskvas regering bondekrigen ved at mobilisere praktisk talt alle reserver og reagere med terror på terror. Men Shuisky, der havde opløst det meste af hæren og troede, at uroen var ved at være slut, fejlberegnede. Alt var lige begyndt. En anden Falsk Dmitry dukkede op, hvortil resterne af Bolotnikovitterne sluttede sig. Polen blev aktivt igen.
